معنی کلمه خوی و ریشه این لفظ، و اینکه از چه دوره‌ای نام این شهر قرار گرفته روشن نیست. احمد کسروی در رسالهنامهای ده‌ها و شهرهای ایران که ریشه بسیاری از نام‌ها را یافته و با هوشمندی به نتایج صحیحی رسیده است، در این باره می‌گوید:(معنی کلمه خوی روشن نشد. بعضی‌ها می‌گویند کلمه خوی ارمنی و به معنی قوچ است. این نظر اشتباه است زیرا در کتب ارمنی خوی را هیر نام برده‌اند.))
طبق گفته استاد دکتر عباس زریاب خویی نام شهر از واژه پهلویبه معنای نمک برگرفته شده است. از کتیبه‌های آشوری بر می‌آید که از قرن نهم تا پایان قرن هشتم پیش از میلاد ناحیه خوی از قطور تا مرند سان گی بوتو نامیده می‌شد. و جز قلمرو اورارتو بود که نام خوی در این کتیبه‌های آشوری خُوَیّه آمده است.
بنابه نوشتهٔ راجر سیوری در دانشنامه اسلام چنین گفته می‌شود که واژه خوی دارای ریشه‌ای کردی و به معنای نمکاست و به واسطه وجود معادن نمک در منطقه، به خوی معروف شده‌است.
از آنجا که شهر خوی در سرزمین نسبتاً پست قرار گرفته است. در اصطلاح محلی آن را «خوی چو خوری» می‌نامند
